こんにちは。サーチャーの酒井です。
もうね、立春過ぎたというのに、毎朝寒くって！ (in 長野)
どのくらい寒いか？といいますと、
今週は毎日がこんな調子。
長野内勤日、まだまだロングブーツとお別れできません。。。
（でも、黒服は減らしましたYO！)
さて、今日は検索メモ。
多くの方には、あまり需要はないかと思いますが
「塩基配列」を含む特許、の検索ツール。
塩基配列とは、
遺伝子における、塩基の並び方。
アデニン(A)
チミン(T)
グアニン(G)
シトシン(C)
・・・って、高校・大学で毎日のように目にしてました。
なつかしーい！ （←生物学科出身なのです。）
この前ね、
新橋・JPDSの講習会終了後に、
質問にいらした方から、逆に教えて頂いたのです。（感謝！）
バイオ＆周辺領域の方には、
きっと当たり前のツールなのですよね？
でも、空気を読まず
「自分検索メモ」として、アップします。
※記事を折りたたみます。
特許情報と配列表
特許明細書（公報）の中には、「(塩基)配列表」を含むものがあります。
J-PlatPatで見ると、こんな感じ。
配列表ファイルを開くと、このような文字列が記載されています。
これが「塩基配列」の情報です。
Synthetic mIL-12 and mIL-21
1
taaacaaata ggggttccgc gcacatttcc ccgaaaagtg ccacctgacg tctaagaaac 60
cattattatc atgacattaa cctataaaaa taggcgtatc acgaggccct ttcgtcttca 120
attaatcgca ccggtatcta tgtcgggtgc ggagaaagag gtaatgaaat ggcagctagc 180
taaacaaata･･･ と始まる部分が、塩基配列です。
特許中の塩基配列を収録したデータソース「ＢＬＡＳＴ」
先日教えて頂いたのは、BLASTというデータソース。
http://blast.ddbj.nig.ac.jp/blastn?lang=ja
ということで、
JP、KR、EP、US の特許出願に含まれる塩基配列データが
検索対象なのだそう。
データの詳細はこちら↓
特許出願に含まれる配列データの提供
http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/pat_data-j.html
検索するには？
必要な塩基配列をコピー
ＢＬＡＳＴにペーストし、
ページ下部のデータソースから「Patent」を選んで、検索。
基本の使い方は、これだけ！
・・・なんか、簡単すぎてビックリしたー。
あ、入力した塩基配列との類似度なども設定できるようです。
検索は簡単なのですが、
答えが出るまでに、しばらく待ち時間が発生します。
平均すると、２～３分かかるかな、という印象ですが、
もうちょっと長い時もありますので･･･
コーヒーを入れに立ったりして、適度に待ちますと。
あっ、出てました！
囲み付近が、日本の公開特許番号です。
Excel等で加工して、番号だけを切り出し、
適当な特許データベースに投入すれば、
「塩基配列による検索」
ができてしまいます。
もう一度、BLASTへのリンク、貼っておきます。
http://blast.ddbj.nig.ac.jp/blastn?lang=ja
それでは！
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