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2017/02/07

[検索メモ]初めて知った!「塩基配列」を含む特許の検索ツール



こんにちは。サーチャーの酒井です。
もうね、立春過ぎたというのに、毎朝寒くって! (in 長野)



どのくらい寒いか?といいますと、
今週は毎日がこんな調子。


長野内勤日、まだまだロングブーツとお別れできません。。。
  (でも、黒服は減らしましたYO!)




さて、今日は検索メモ。
多くの方には、あまり需要はないかと思いますが


「塩基配列」を含む特許、の検索ツール。


塩基配列とは、
遺伝子における、塩基の並び方。

アデニン(A)
チミン(T)
グアニン(G)
シトシン(C)

・・・って、高校・大学で毎日のように目にしてました。
なつかしーい! (←生物学科出身なのです。)



この前ね、
新橋・JPDSの講習会終了後に、
質問にいらした方から、逆に教えて頂いたのです。(感謝!)


バイオ&周辺領域の方には、
きっと当たり前のツールなのですよね?



でも、空気を読まず
「自分検索メモ」として、アップします。


※記事を折りたたみます。




特許情報と配列表

特許明細書(公報)の中には、「(塩基)配列表」を含むものがあります。

J-PlatPatで見ると、こんな感じ。



配列表ファイルを開くと、このような文字列が記載されています。
これが「塩基配列」の情報です。

DNA
Artificial Sequence


Synthetic mIL-12 and mIL-21

1
taaacaaata ggggttccgc gcacatttcc ccgaaaagtg ccacctgacg tctaagaaac 60

cattattatc atgacattaa cctataaaaa taggcgtatc acgaggccct ttcgtcttca 120

attaatcgca ccggtatcta tgtcgggtgc ggagaaagag gtaatgaaat ggcagctagc 180


taaacaaata・・・ と始まる部分が、塩基配列です。





特許中の塩基配列を収録したデータソース「BLAST」


先日教えて頂いたのは、BLASTというデータソース。
http://blast.ddbj.nig.ac.jp/blastn?lang=ja

日本国特許庁 (JPO) と 韓国特許庁 (KIPO) が収集・処理した特許出願に含まれる塩基配列データは DDBJ を経由して INSD に取り込まれて公開されています。

同様に、欧州特許庁 (EPO)、 米国特許商標庁 (USPTO) が受理し公開可能となった配列データも、それぞれ EMBL-Bank/ENA, GenBank を経由し、INSD に取り込まれております。

ということで、

JP、KR、EP、US の特許出願に含まれる塩基配列データが
検索対象なのだそう。

データの詳細はこちら↓
特許出願に含まれる配列データの提供
http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/pat_data-j.html




検索するには?


必要な塩基配列をコピー
BLASTにペーストし、



ページ下部のデータソースから「Patent」を選んで、検索。


基本の使い方は、これだけ!


・・・なんか、簡単すぎてビックリしたー。
あ、入力した塩基配列との類似度なども設定できるようです。



検索は簡単なのですが、
答えが出るまでに、しばらく待ち時間が発生します。


平均すると、2~3分かかるかな、という印象ですが、
もうちょっと長い時もありますので・・・


コーヒーを入れに立ったりして、適度に待ちますと。





あっ、出てました!





囲み付近が、日本の公開特許番号です。


Excel等で加工して、番号だけを切り出し、
適当な特許データベースに投入すれば、

「塩基配列による検索」

ができてしまいます。



もう一度、BLASTへのリンク、貼っておきます。
http://blast.ddbj.nig.ac.jp/blastn?lang=ja


それでは!





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